Pusat Pastoral Yogyakarta berasal dari Pusat Pastoral Solo yang didirikan pada 1 Juli 1970 di kompleks Gereja Santo Antonius, Jalan Jendral Sudirman 3, Purbayan (sekarang Jalan Arifin 1, Solo). Pusat Pastoral Solo dirintis oleh Romo Arthur Waibel, S.J (bidang liturgi) dan Romo Stan van Wichelen, S.J (bidang sosiologi). Pusat Pastoral ini semula didirikan atas inisiatif dan kebutuhan Keuskupan Agung Semarang, bahkan kebutuhan Gereja di Indonesia. Kemudian dalam pengelolaannya ditangani oleh Serikat Yesus bekerja sama dengan awam dan religius. Pusat Pastoral dimulai di Solo yang terletak di bagian timur Jawa Tengah dengan maksud supaya wilayah timur Keuskupan Agung Semarang lebih mudah mendapatkan perhatian.
Pusat Pastoral Solo didirikan untuk mempelajari persoalan-persoalan yang dihadapi oleh Gereja Indonesia di bidang pastoral. Mendasarkan karya-karya pastoral pada penyelidikan dan perencanaan yang lebih mendalam, meningkatkan mutu dan koordinasi di segala bidang pastoral, menyalurkan hasil studi dan penelitian kepada pihak-pihak yang bersangkutan dan melayani kebutuhan para tenaga dan lembaga yang bekerja di bidang pastoral. Pusat Pastoral Solo ingin mendasarkan segala usahanya pada kebutuhan dan keadaan konkret, maka dianggap sangat penting adanya penelitian yang serius dan kerja sama erat dengan pastor-pastor dan paroki-paroki, serta lembaga-lembaga lain yang bergerak di bidang pastoral. Pusat Pastoral Solo tidak membatasi diri pada daerah tertentu, tetapi mau melayani kebutuhan pastoral di seluruh Indonesia
Pada 16 Juli 1976 Pusat Pastoral Solo pindah ke Yogyakarta dan menempati beberapa ruang di Kolese Santo Ignatius, Jalan Abubakar Ali 1, Kotabaru, Yogyakarta. Sejak itu Pusat Pastoral Solo lebih dikenal sebagai PUSAT PASTORAL YOGYAKARTA (PPY). Pusat Pastoral Yogyakarta dipimpin oleh Rm. Ferd Heselaars, S.J.
Yang dimaksud dengan pastoral ialah pembangunan Gereja secara terencana, yakni segala usaha sistematis untuk mengembangkan Gereja Umat Allah dalam masyarakat atau untuk mengembangkan proses menggereja dalam situasi konkret. Pusat Pastoral tidak mau membatasi diri pada pastoral paroki saja, namun Pusat Pastoral juga tidak mau mengambil oper usaha yang sudah dilaksanakan oleh lembaga lain seperti Panitia Waligereja Indonesia untuk Liturgi (PWI Liturgi), LKG (Lembaga Konsultansi Gerejani), Pusat Kateketik (PUSKAT), IFT (Institut Filsafat Teologi), dsb
Pada 1 Februari 1995 Romo N. Halsema, S.J menggantikan Romo Ferd Heselaars, S.J yang sudah sejak 1976 menjadi direktur PPY. Sejak 1986 Pusat Pastoral Yogyakarta berkantor di Wisma PTPM (Pembinaan Tenaga Pembangun Masyarakat), Jalan Sosrowijayan Gt I no. 112 A karena ruangan-ruangan yang ditempati PPY terkena perluasan dan pembangunan perpustakaan Kolese Santo Ignatius. Sejak 8 Agustus 2002 kantor PPY pindah ke Kampus Puskat, menempati gedung yang sebelumnya dipakai SAV (Studio Audio Visual).
Pusat Pastoral Yogyakarta merupakan lembaga lintas keuskupan yang secara ekumenis mengembangkan ilmu Teologi Praktikal dengan mendalami perkembangan hidup menjemaat dari sudut 'makro', yaitu secara organisasi strategis (Pembangunan Jemaat) dan secara khusus memperhatikan aspek 'mikro', yaitu pendampingan individual (Penggembalaan). Inilah yang menjadi fokus perhatian PPY selama 1976-2008.
Pada 1 Juli 2008 Romo Priyono Marwan S.J sebagai Provinsial, mengangkat Romo J.B. Mardikartono S.J sebagai direktur PPY, dan menunjuk tim PPY yakni Romo Fl. Hasto Rosariyanto, S.J (mengundurkan diri); Romo B. Kieser, S.J; Romo I.L. Madya Utama, S.J, dan Romo H.J. Suhardiyanto, S.J. Dengan demikian ditegaskan PPY menjadi karya Serikat Yesus dan fungsinya diteruskan. Tim PPY yang baru ini kemudian mengadakan reorientasi dan revitalisasi PPY.
PPY memiliki kantor di kampus PUSKAT, Jalan Ahmad Jazuli 2, Kotabaru, Yogyakarta. Kantor ini dilengkapi dengan perpustakaan, ruang pertemuan, ruang diskusi, ruang makan, kapel, dan ruang kerja. Maka kantor berperan sebagai sekretariat dan tempat bertemu untuk membuat perencanaan, evaluasi, studi, serta melaksanakan program-program PPY (lokakarya, kursus, pertemuan weekdays dan weekends). Program PPY tidak selalu dilaksanakan di kantor PPY dan Wisma Puskat, tetapi dapat juga dilaksanakan di tempat lain yang memenuhi syarat,
Dalam meneruskan usaha melayani dan ikut membangun Gereja Indonesia, PPY ingin mewujudkan diri bersama para pelaku pastoral sebagai komunitas para murid Yesus Kristus, dan bukan pertama-tama menonjolkan segi-segi kelembagaan. Bersumber pada kasih Allah, komunitas para pelaku pastoral itu mau lebih mengembangkan relasi persahabatan, kerja sama, dan dialog dengan berbagai pihak untuk mewujudkan Kerajaan Allah di tengah dunia.
Salah satu peran penting yang mau diupayakan PPY adalah menjadi "tempat bertemu" atau jembatan antara bekal pendidikan yang dimiliki para pelaku pastoral dengan pengalaman praktek pastoral di tengah umat. Melalui kursus-kursus yang lebih memperhatikan hubungan teori dengan praksis pastoral, para pelaku pastoral dibantu pula untuk dapat secara mendalam memperbaharui sikap dan tindakan pastoral. Ini berarti PPY tetap berkomitmen membantu para pelaku pastoral untuk mengembangkan kompetensi pastoral tanpa melupakan pengembangan hidup, pribadi, dan spiritualitasnya.